Esta es la parte más confusa xD Según su creador, el final está bastante abierto a interpretación. En esa nave solo va una cápsula, la otra (la que iba a usar Te'ah para escapar) se destruye cuando John elimina a Te'ah. Por tanto, lo que se ve al final debería ser el cadáver de la mujer de John.

Y aquí hay varias teorías:

1) La mujer de John estuvo muerta todo este tiempo, aunque John no se da cuenta cuando se acerca a la cápsula. ¿Cómo pudo no darse cuenta de que ahí había un cadáver? A lo largo del juego se sugiere que el estado mental del protagonista no está del todo en orden (las visiones que realmente no serían hologramas, cuando en la sala con el "pulmón artificial" parece que notamos la presencia de una persona metida ahí dentro y comenta que su imaginación le está jugando una mala pasada; o durante los diagnósticos médicos también se sugiere que no solo sufre daños físicos, sino también mentales).

Con la sala del "pulmón de hierro" me refiero a esta zona:

http://loadscreen.com.au/wp-content/uplo...24x576.jpg

El caso es que en semejante estado mental no sería inverosímil pensar que John no daba por muerta a su mujer, pese a estar a lado de la cápsula cuando la envía al espacio. En este caso John decide enviar la cápsula al espacio con la esperanza de que rescaten a su mujer.


2) Otra interpretación: la persona que enviamos al espacio es un clon de la mujer de John. ¿En qué se basa esta teoría? Sabemos por una de las PDAs que hicieron experimentos con su mujer. Esa PDA estaba en la sala con la mujeres embarazadas (tremenda esa escena). De acuerdo con esta teoría, una de esas mujeres era su esposa, y de ahí los comentarios y los sollozos de John cuando decide apagar el soporte vital.


3) La versión "metafórica" es que John sabe que su mujer está muerta cuando decide mandar la nave con la cápsula. ¿Por qué entonces no se salva él? Simplemente porque ha perdido todo lo que más quería, a su familia y no ve de forma continuar adelante. Enviar el cadáver de su mujer al espacio sería como una última despedida, una especie de "funeral" que alejaría a su esposa de ese horrible lugar.

En cualquier caso, John no tenía escapatoria (por lo menos en los casos 1 y 2) al quedar sólo una cápsula. Incluso es posible que si alguien rescata la nave con el cadáver, eso sirva como pista para que otros puedan averiguar lo que estaba haciendo Cayne.