Yo lo he rejugado hace unos meses con la compra de esta misma versión y sí, es alucinante como jugáblemente parece que no han pasado los años por él, se conserva super fresco.
Misiones activas no tienes propiamente dichas, las secundarias que existen en el juego las tienes que ir buscando y completando por tu cuenta, y sobre la trama principal verás que Navi te irá guiando o aconsejando hacia donde debes marchar, llegará a ser muy pesada, créeme.
Las piedras con hadas tienen muchísimos usos y a su vez ninguno fundamental para completar el juego, digamos que son curiosidades, suponiendo que te refieras a éstas:
Efectivamente el juego tiene bloqueadas ciertas zonas / objetos / secretos los que solo podrás acceder cumpliendo una serie requisistos, así que no te preocupes, se observador y ten buena memoria, nunca sabes cuando necesitarás volver a ciertos sitios, pero no te preocupes, en este juego tienes todo el tiempo del mundo, no por no descubrir algo en el preciso momento te van a privar de ello para siempre como sucede en la mayoría de juegos con secretos por descubrir.