Los trofeos de todas las habilidades, prótesis y jefes tiene que ser en un mismo archivo de guardado, pero en una partida sola es imposible, es decir, necesitas el NG+.
Yo lo que hice fue sacarme los 3 finales en la primera run (hice backup antes de enfrentarme al dragón cómo me dijo Rivera y luego hice otro después de ganar a Isshin) y conseguir las 6 piezas de lazulita que puedes conseguir en una partida.
Luego empecé NG+, llegué hasta el búho e hice otro backup, me saqué el final Shura y me dieron el trofeo del final y el de todos los jefes.
Luego cargué el backup y seguí el juego con normalidad hasta el manantial dónde conseguí las 4 lazulitas restantes para mejorar todas las prótesis. Luego a farmear experiencia cómo un cabrón para todas las habilidades, acabé con 350000 de pasta, no te digo más
Un sitio cojonudo para farmear experiencia (no sé si habrá otro mejor) es en "alrededores de Ashina-escaleras", dónde te enfrentaste al ogro encadenado por primera vez. La última visita al castillo están en guerra los Ashina y el ministerio de interior, desde esa hoguera te encuentras a 5 ninjas del ministerio de espaldas y te los puedes cargar sin problemas en sigilo, consigues unos 5500 de experiencia por cada vez que te los cargues a todos en NG+