Emuladores un término demasiado ambiguo. Los quieres de consolas?
N64: PJ64 (el mejor), 1964mod (de este vi una compilación por ahí más reciente)
MD: Gens32 (pero no van los mandos con pads POV (de 8 direcciones), Gens Plus (en este sí)
PSX: ePSXe (con plugins de pete en gpu, eternal spu 1.50 en el spu y el que viene por defecto para el cdr, porque nadie usa hoy en día cds), pSX (la emulación está toda contenida en el emulador, no necesita plugins), PCSXR (también requiere plugins)
PS2: PCSX2 (el único que realmente funciona y es genial) NeutrinoSX2 (to old, pero por archivismo lo incluimos)
NES: Nestopia (el mejor aunque no es emulación precisa), Nintendulator (muy bueno, el más preciso, pero todavía en beta), VirtuaNES (el primer emulador que usé en 2003
)
SNES: bsnes (para mí el mejor y más preciso) zsnes (también buenísimo) snes9x (el más sencillo de usar y casi tan preciso como bsnes)
Dreamcast: nulldc, makaron, demul32 (el build 64 está deprecated)
GB/GBC/GBA: VBA-M, BGB (éste sólo para gb/gbc)
Ahí tienes de las plataformas más populares. Luego también los hay de pc x86 (PCem, bastante reciente, requiere ficheros de los bios en formato rom para funcionar y es al estilo Q-EMU o vmware) y de cientos de cosas más.
Ah, y de neogeo, los mejores son Winkawaks, NeoRage, el propio MAME, y Final Burn Alpha. Quédate con el que te parezca mejor.