Básicamente que en el primer salto en el tiempo, cuando matan a K, al haber un cambio en el devenir de los hechos en un futuro sin este agente, J no estaría en los MiB y seguramente no debería ni recordar quien era K

O le dice a J antes del viaje que es curioso que él sea el único que aún lo recuerda todo y tal, que eso solo se explicaría si él realmente estuvo allí cosa que se ve al final de la película.

Sobre lo de que J no debería haber acabado en los MiB ahí juegan con el tema de la paradoja temporal como hacen otras películas como Terminator. El presente que conocemos es uno en el que todo lo de la tercera ya pasó. Si en la 1 el agente K recluta a J es porque en ésta realidad el agente K ya había conocido al padre y había muerto por salvarle -fíjate que antes de que el asesino fuese al pasado y matase a K, Will ya hablaba de su padre ausente y deja entrever que K tiene "secretos" y parece que sabe algo de J que ocurrió hace tiempo- y él había conocido a J de pequeño y lo había estado cuidando y observando "en la sombra" has que considera que llega el momento en que muestra cualidades para ser su sustituto.

Es decir, hubo otro presente, antes de que el asesino hiciese lo del viaje en el tiempo, en que capturó al asesino pero no conoció a J de pequeño ni se sentía responsable por él y J no llegó a ser agente y las cosas sucedieron de otra forma, luego en ese futuro el asesino se escapó, viajó al pasado y lo mató e igual el que le ayudó en esa ocasión fue otro compañero del MiB que viajó al pasado, el que fuese su compañero en ese otro tiempo, pero al salvarle al final el padre de J se cambió el ciclo haciendo que su compañero no fuese ese otro sino el agente J.

Queda solo una cosa en el aire que es ¿y cómo en ese tiempo sabían que tenían que enviar a alguien al pasado a salvar a K si ya no quedaba nadie que lo recordase? Fácil. El asesino si dejó un cabo suelto que fue el que le dió el dispositivo de viaje en el tiempo. Viendo que se cernía una invasión y conociendo la organización de los MiB podría haber llamado él mismo y explicado todo para que enviasen a alguien a capturar al asesino que viajó o también podría haber sido el último arkaniano que como ve todos los posibles futuros iba hilando intentando que sucediese el "bueno".

En toda paradoja temporal la historia, para llegar a ser como es, ha sufrido de hecho varios cambios hasta que ha llegado al equilibrio/ciclo cerrado que se nos muestra.